Die Gemeinde Walkendorf besteht seit der Fusion mit den Gemeinden Boddin und Lühburg im Jahr 2019 aus den 14 Ortsteilen Walkendorf, Dalwitz, Stechow, Boddin, Groß Lunow, Klein Lunow, Alt Vorwerk, Neu Vorwerk, Neu Boddin, Lühburg, Gottesgabe, Repnitz, Strietfeld und Basse.

Administrativ gehört die Gemeinde Walkendorf zum Amtsbereich Gnoien.

Als ehrenamtlicher Bürgermeister fungiert derzeit Herr Henrik Jager.